Хотя братия была малочисленна, монастырю принадлежали обширные владения: поля, луга, озера, крепостные крестьяне, что приносило обители доход, и уже к середине ХVII века Алексеевский монастырь был самым богатым в Воронеже.
В 1674 году в монастыре была построена первая каменная церковь, посвященная святому Алексию. В 1755 году возвели второй этаж, в котором разместился престол Владимирской иконы Пресвятой Богородицы. Эту икону привезли в Алексеевскую обитель из Воскресенского Новоиерусалимского монастыря, она стала местной святыней. После октябрьской революции древний монастырь испытал на себе все невзгоды, коснувшиеся и других церковных приходов. В 30-х годах прошлого столетия Алексеевская обитель была закрыта, братия выселена. Ценности монастыря и остальное имущество было изъято или разграблено. Даже монастырское кладбище не избежало разорения. Со стен храма были сбиты фрески, с куполов сброшены кресты, сам храм был впоследствии разобран на кирпичи. Во время Великой Отечественной войны оставшиеся строения на монастырской территории сильно пострадали от бомбежек.
Только лишь в 1990 году начались работы по восстановлению храма на территории Алексеевского Акатова монастыря, который годом раньше был передан Воронежской епархии. Патриарх московский и всея Руси Алексий Второй дал согласие на открытие женского монастыря во вновь обретенной воронежской обители.
В 1991 году двухэтажный храм полностью восстановили, отреставрировали келейный корпус для монахинь. Недалеко от главного храма была возведена водосвятная часовня. Двухэтажный храм сейчас является доминантой монастыря. Всего один купол с крестом венчает его. Необычная архитектура храма проявляется и изнутри - неф имеет форму правильного круга. Древнейшим строением на территории монастыря является колокольня, дата постройки которой определяется 1674 годом. Н. Валукинский, краевед, так описывает колокольню Акатова монастыря: «...Стиль русский: большие стены, малые отверстия, большая лобовая часть являются характерными знаменателями старания строителей привлечь богомольцев чистотою своих помыслов, бескорыстной, благородной души...». В целом же, многие исследователи сходятся во мнении, что колокольня обители напоминает формы православных построек Московской Руси. Ю. Успенский делает такой вывод: «Все части колокольни: и нижний четверик, и средний восьмигранник, и верхний шатер представляют из себя формы, легко воспроизводимые в дереве. В этом и есть разгадка архитектурного стиля этих чисто русских колоколен, явившихся всецело повторением в камне столь привычных и излюбленных деревянных форм».
В 1990-х годах обитатели и прихожане Алексеевского Акатова монастыря стали свидетелями настоящего чуда: мироточили иконы, особо почитаемые в Воронежской епархии: Божией Матери «Живоносный Источник» афонского письма, великомученика Пантелеимона, святителей Митрофана и Тихона Воронежских, Питирима Тамбовского. С 1994 года при монастыре действуют детская воскресная школа, благотворительная столовая. В конце прошлого века обители была передана Введенская церковь, которая является одной из красивейших церквей города.
