Через пять лет в Воронеже произошел крупный пожар, уничтоживший большую часть города, но не затронувший Воскресенскую церковь. Генеральный план восстановления города был утвержден в 1774 году императрицей Екатериной II. Городские пределы были значительно расширены, Ямская слобода оказалась в черте города, но поселение ямщиков переносилось к Московской заставе, в другой стороне города. На новом месте жительства не стали строить церковь, и ямщики вплоть до конца XIX века по-прежнему считались прихожанами Воскресенской церкви.
В этой части города, где стояла Воскресенская церковь, было много близко расположенных друг к другу храмов, но у каждого был свой приход, прихожанами Воскресенского храма в конце XIX века считались около 500 душ. На Воскресенской улице жили дворяне, чиновники, купцы. Вокруг церкви в XVIII веке существовало небольшое приходское кладбище, но со временем погост пришел в запустение и перестал действовать, исчезли памятники, могильные холмики сровнялись с землей.
До революции внешний облик церкви не менялся. В 1914 году рядом с церковью построили одноэтажную каменную богадельню, также близ храма располагался двухэтажный каменный дом для причта. Церковь владела 90 десятинами пахотной земли и 51 десятинами леса, которые отдавались в аренду. По учету имеющихся в церкви ценностей имелось пятьдесят икон и четыре Евангелия в серебряных окладах, одиннадцать лампад, четыре дискоса, четыре звездицы и еще несколько богослужебных предметов. Почти все они через несколько лет были переданы в фонд голодающих крестьян Поволжья.
В начале 1930-х годов Воскресенская церковь была закрыта, ее здание стало складом предприятий легкой промышленности. Во время Великой Отечественной войны немцы сделали колокольню своим наблюдательным пунктом. Под ударами артиллерии здание церкви было разрушено до первого яруса, сгорела кровля купола, пострадала кирпичная кладка. После войны в церкви опять расположился склад Легпрома.
В конце 1993 года администрация города вернула храм епархии. Здание Воскресенской церкви тогда представляло собой гнетущее зрелище: были пробиты новые окна, двери, проемы для транспортера, срезаны металлические стяжки сводов, фасад прорезали глубокие трещины, над окном алтаря вывалилось более метра кладки. 24 июня 1994 года церковь вновь стала действующей. Первый настоятель храма, протоиерей Феодор Бажанов, сделал очень много для его восстановления. Теперь в нижнем храме в честь Казанской иконы Божией Матери богослужения проходят ежедневно, а в верхнем, в честь Воскресения Христова - по воскресеньям и праздникам.
